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2023年9月，首席专家陈支平教授和执行主任董建辉教授牵头申报的国家社科基金铸牢中华民族共同体意识研究重大专项“台湾少数民族通史”获批立项。
2021年，王传超主持的国家社会科学基金重大项目“多学科视角下的汉藏语系的起源和演化研究”获批立项。
2021年，董建辉主持的国家社会科学基金重点项目“台湾少数民族习惯法的历史演变与现代转型研究”获批立项。
2021年，陈忠纯主持的国家社会科学基金一般项目“‘两蒋’时期台湾地区台湾史研究的变迁与考论”获批立项。
2021年，张亚辉主持的国家社会科学基金一般项目“川甘青地区传统藏族社会的亲属制度和基层政治结构”获批立项。
2020年，张羽主持的国家社会科学基金重大项目“百年台湾文学中的中华民族叙事研究”获批立项。
2020年，邓晓华主持的国家社会科学基金重大项目“多学科视角下的南岛语族的起源与形成研究”获批立项。
2020年，施雪琴主持的国家社会科学基金一般项目“海上丝绸之路视野下华侨华人移民与菲律宾南部边疆开发研究”获批立项。
2020年，陈忠纯主持的项目“《新编中国通史》纂修工程《港澳台卷》分卷‘台湾分册’”获批立项。
2018年，林枫主持的国家社会科学基金重大项目“华侨谱牒搜集整理与海上丝绸之路研究”获批立项。
